Проект в среде разработки Полигон 2 - это база данных Sqlite.

Есть возможность защититься с помощью создания зашифрованной версии проекта (это собственная реализация). В системном окне "Проекты" (Окна/Проекты) нужно выделить интересующий проект и нажать кнопку "Сохранить защищенную копию".

В окне отобразиться защищенный проект:

Защищенный проект будет иметь расширение имени .pp2 (тогда как обычный проект имеет расширение .pl2) При открытии защищенного проекта нужно выбрать соответствующий пункт в выпадающем списке.