Однопользовательский проект представляет из себя файл с расширением pl2. В одном файле хранится все содержимое проекта за исключением дополнительных файлов, которые могут использоваться, например, при создании пользовательского блока на C++. Файлы проектов можно копировать и таким образом передавать другим разработчикам. Каждый проект рекомендуется размещать в отдельной папке, поскольку внутри нее среда разработки создает временные файлы при трансляции и копии проекта.
При редактировании проекта в среде разработки все изменения происходят в памяти, а в файл записываются при сохранении командой Сохранить в панели инструментов. Последние 10 действий можно отменить командой Отмена или комбинацией клавиш Ctrl+z независимо от того был ли сохранен проект на диск или нет. Автоматическое сохранение проекта производится каждые 5 минут. Поменять период автосохранения проекта можно на вкладке Экран/Настройки/Период автоматического сохранения. Если установить 0, то автосохранение будет отключено. При каждом сохранении на диск создается копия с таким же именем плюс суффикс с датой и временем сохранения.