Проект в среде разработки Полигон имеет иерархическую структуру, которую можно увидеть в представлении Дерево 
. Узлы дерева могут быть разных типов. Основной узел с точки зрения создания программы для контроллера - это Модуль. В модуле находится графическая структура алгоритмов и настройки для контроллера, из модуля транслируется исполняемый файл. Проект может содержать несколько модулей.
Типовая структура модуля определена следующим образом:
модуль
место работы
программа
страница
функциональный блок
Страницы раздела
| Поток данных |
| Место работы |
| Программа |
| Страница |
| Функциональный блок |
| Функция (ST) |
| Перечисление (ST) |
| Структура (ST) |
| Глобальные переменные и константы |